Peut-on restaurer son microbiote intestinal après une cure d'antibiotiques ?
Ton microbiote se reconstitue partiellement après une cure d'antibiotiques, mais un retour complet à l'état initial est rarement atteint. Les probiotiques ne favorisent pas cette restauration de façon démontrée ; laisse à ton organisme le temps de récupérer et discute avec ton médecin pour savoir si une cure est vraiment nécessaire.
Les antibiotiques causent des dégâts considérables au microbiote intestinal. La ciprofloxacine réduit fortement sa diversité en seulement trois à quatre jours. Une association plus lourde de trois antibiotiques à large spectre fait temporairement disparaître certaines bactéries potentiellement nuisibles, mais elle entraîne simultanément une chute marquée des espèces bénéfiques, notamment les bifidobactéries et les bactéries productrices de butyrate (un acide gras qui nourrit la paroi intestinale).
La récupération survient, mais elle est rarement complète. Dix mois après une cure de ciprofloxacine, la composition du microbiote de tous les participants étudiés différait encore de ce qu'elle était avant le traitement. Après la triple cure plus intensive, la flore était en grande partie revenue au bout d'un mois et demi, mais neuf espèces présentes chez tous les participants avant la cure restaient indétectables chez la plupart d'entre eux six mois plus tard. L'ampleur de la récupération varie beaucoup d'une personne à l'autre, et chez un même individu, une deuxième cure ne se déroule pas comme la première.
Prendre des probiotiques après la cure semble intuitif, mais les données scientifiques contredisent cette logique. Comparées aux personnes n'ayant rien pris, celles qui avaient consommé des probiotiques multi-souches ont présenté une restauration plus lente et incomplète du microbiote au niveau de la muqueuse intestinale. Les probiotiques peuvent atténuer la diarrhée associée aux antibiotiques, mais cela est indépendant d'une véritable reconstitution du microbiote.
Le retour le plus rapide et le plus complet a été obtenu grâce à une autotransplantation fécale : des selles congelées avant la cure, puis réintroduites après. En quelques jours, le microbiote était quasi intégralement restauré, bien plus vite qu'avec la récupération spontanée ou les probiotiques. Cette approche n'est toutefois pas accessible à tous ; elle n'a pour l'instant été testée que sur un petit groupe de participants.
Ces données reposent sur trois études menées chez l'humain : une petite étude conduite auprès de trois personnes (ciprofloxacine, PMID 20847294), une étude portant sur 12 jeunes hommes en bonne santé (PMID 30349083) et une étude comparant trois groupes (probiotiques, autotransplantation fécale ou aucune intervention, PMID 30193113). Tous les résultats concernent des êtres humains, mais les effectifs restent faibles. Aucune méta-analyse n'est disponible dans cet ensemble de données.